Sheikh Muszaphar được sinh ra ở Kuala Lumpur và học phổ thông ở Maktab Rendah Sains MARA ở Muar. Anh lấy bằng Cử nhân Y khoa và Phẫu thuật tịa Kasturba Medical College, Manipal.[5]

Sheikh Muszaphar là một bác sĩ phẫu thuật chỉnh hình ngoại khoa[6], và là một giảng viên đại học ngành y khoa tại Universiti Kebangsaan Malaysia.[3][7] In 1998, Sheikh Muszaphar đã làm việc tại Bệnh viện Seremban, sau đó là tại Bệnh viện đa khoa Kuala Lumpur năm 1999, và tại Bệnh viện Selayang từ 2000 đến 2001.[5] Sheikh Muszaphar cũng là một người mẫu bán thời gian.[8][9][10]